تعتمد المدرسة الوطنية للإدارة والصحافة والقضاء منظومة حكامة مؤسسية متكاملة، تقوم على مبادئ النجاعة والشفافية والتكامل بين مختلف الهيئات، بما يضمن حسن التوجيه وجودة الأداء وتحقيق الأهداف الاستراتيجية للمؤسسة.
مجلس الإدارة
يُعدّ مجلس الإدارة الهيئة العليا للتوجيه والإشراف، ويتكوّن من ممثلي القطاعات الحكومية ذات الصلة المباشرة باختصاصات المدرسة، إلى جانب ممثل عن الوزارة الأولى، وممثلين عن أساتذة المؤسسة وعمالها وطلبتها.
ويختص المجلس برسم التوجهات العامة للمدرسة، واتخاذ القرارات الاستراتيجية الكفيلة بدفع أنشطتها وتطويرها، كما يتولى مراقبة أدائها وضمان انسجامه مع السياسات العمومية للدولة.
المجلس العلمي والتربوي والبحثي
يتولى هذا المجلس مهام التقييم والمتابعة للجوانب العلمية والأكاديمية والبحثية، ويضطلع بدور محوري في ضمان جودة التكوين ومطابقته للمعايير المعتمدة.
كما يختص بالمصادقة على برامج التكوين والتدريب، وإبداء الرأي في قضايا اكتتاب وترقية المدرسين الباحثين، ودراسة مشاريع التعاون العلمي والثقافي مع الشركاء الوطنيين والدوليين.
ويرأسه المدير العام، ويضم في عضويته مسؤولي التكوين والإدارة في القطاعات المعنية، إلى جانب ممثلين عن هيئات البحث العلمي ومدرّسين باحثين منتخبين.
الهيئة التنفيذية
تتولى الهيئة التنفيذية تدبير شؤون المدرسة اليومية، وتتكون من مدير عام، يساعده عند الاقتضاء مدير عام مساعد.
ويتمتع المدير العام بكافة الصلاحيات اللازمة لضمان حسن سير المؤسسة، في إطار احترام اختصاصات مجلس الإدارة، حيث يسهر على تنفيذ القوانين والأنظمة، وتطبيق قرارات المجلس، وتمثيل المدرسة أمام الغير والقضاء، والتوقيع باسمها على الاتفاقيات ذات الصلة بمهامها.
كما يمارس السلطة الإدارية والتأديبية على كافة العاملين، ويشرف على تسيير الموارد البشرية وفق القوانين والنظم المعمول بها.
الهياكل الإدارية المساندة
تعتمد الإدارة على مجموعة من الهياكل المتخصصة التي تسهم في تنفيذ مهامها بكفاءة، وتشمل:
•    المستشارون: يتولون إعداد الدراسات والمذكرات الاستراتيجية دعماً لقرار الإدارة؛
•    خلية الموارد المعلوماتية: تُعنى بتطوير نظم المعلومات، والإشراف على تدريس المعلوماتية، وتعزيز التعليم عن بعد، وصيانة التجهيزات؛
•    مركز البحوث والدراسات الإدارية والتوثيق: يتكفل بإنجاز البحوث والدراسات، وتقديم الخبرة، وتنظيم الندوات واللقاءات العلمية؛
•    مديرية التكوين الأولي والتدريبات والمسابقات: تتولى تنظيم مسابقات الولوج، والإشراف على تكوين الطلبة ومتابعة مسارهم الدراسي والتطبيقي؛
•    مديرية التكوين المستمر وتحسين الخبرة: تختص بتصميم وتنفيذ برامج التكوين المستمر، وتحليل احتياجات الإدارات من التأهيل والتطوير؛
•    مديرية البرمجة وجودة التدريس والتعاون: تضطلع بإعداد برامج العمل، وتقييم الأداء، وتطوير جودة التكوين، وتعزيز التعاون مع الشركاء؛
•    المديرية الإدارية والمالية: تتولى تسيير الموارد المالية والإدارية، وضمان حسن تدبيرها وفق القواعد المعتمدة.
وتعكس هذه البنية المتكاملة حرص المدرسة على إرساء حكامة فعّالة، قادرة على مواكبة متطلبات التحديث، وتعزيز جودة التكوين، وترسيخ مكانتها كمؤسسة مرجعية في خدمة الدولة والمجتمع.